Gestion efficace des cyanobactéries dans le bassin de la Loire : enjeux et solutions

La Montée des Alertes aux Cyanobactéries dans le Bassin de la Loire

Le bassin de la Loire, et en particulier ses affluents comme le Cher et le Louet, a été confronté à plusieurs reprises à la problématique des cyanobactéries, des micro-organismes dont la prolifération excessive peut avoir des conséquences sanitaires graves. Un amas de biofilms prélevé dans le Cher, durant l’été 2017, a illustré cette réalité. L’alerte a été particulièrement palpable au mois d’août sur les bords de Loire, en Maine-et-Loire et sur le Cher, suite à la mort de 13 chiens par intoxication. Ces événements ont mis en lumière la présence et les dangers de ces bactéries, souvent difficiles à repérer dans les cours d'eau.

Les cyanobactéries, également désignées sous le nom d'« algues bleu-vert », sont naturellement présentes dans les milieux aquatiques, qu'ils soient d'eau douce ou salée. Leur présence en soi n'est donc pas un problème. Cependant, elles deviennent problématiques dès lors qu’elles prolifèrent de manière trop importante, libérant des toxines dangereuses. Elles constituent alors des couches vertes ou bleutées à la surface des lacs ou des retenues d’eau, bien qu'elles soient plus difficiles à repérer en rivière car elles sont présentes au fond de l’eau, sous forme de biofilms. Une accumulation de biofilms a d'ailleurs été observée dans un cours d’eau de la Loire durant l’été 2017. Les proliférations de cyanobactéries et les phénomènes d'eutrophisation ont été observées avec la mise en eau de certains ouvrages dans les années 77-80, et de nouveau dans les années 90, signalant une problématique récurrente et complexe.

Impacts Directs et Alertes Sanitaires : Les Cyanotoxines et Leurs Conséquences

Les cyanobactéries sont capables de synthétiser des toxines, appelées cyanotoxines, qui représentent un risque sanitaire significatif. Ces toxines peuvent être hépatotoxiques, dermatotoxiques et neurotoxiques, menaçant la santé humaine et animale. Les animaux, et notamment les chiens, sont particulièrement sensibles à ces toxines. Ils peuvent souffrir d’intoxications graves, parfois mortelles, après un contact ou l’ingestion d’eau contaminée. Les chiens sont d'ailleurs reconnus comme une sentinelle précoce de la présence des toxines dans les amas de cyanobactéries en raison de leur comportement de jeu et de leur appétence pour ces amas noirâtres. La mort de 13 chiens par intoxication, constatée en août, est une tragique illustration de ce risque.

L’exposition aux toxines des cyanobactéries peut provoquer chez les humains divers symptômes. Il peut s'agir d'irritations cutanées, de rougeurs et de démangeaisons. Des troubles oculaires et des irritations des muqueuses sont également possibles. En cas d’ingestion accidentelle, des symptômes digestifs tels que nausées, vomissements et diarrhées peuvent apparaître. Dans certains cas, des troubles neurologiques comme des maux de tête et des vertiges peuvent survenir. Le développement potentiel de cyanobactéries dans les étangs et cours d’eau lors de fortes chaleurs peut provoquer ces troubles cutanés, digestifs ou nerveux lors de baignade ou d’ingestion. Plus grave encore, leur prolifération peut s'avérer dangereuse pour l'homme et entraîner des vomissements, des étourdissements, voire une paralysie musculaire.

Contexte des Proliférations : Facteurs, Caractéristiques et Rôle des Cyanobactéries

Les cyanobactéries sont des êtres vivants microscopiques, présentes sur terre depuis au moins deux milliards d’années. Ce sont des organismes présentant les caractéristiques des bactéries, mais qui sont capables de photosynthèse et possèdent un pigment, la chlorophylle, à l’origine de leur couleur verte. Il en existe un très grand nombre d’espèces, et elles se trouvent dans tous les milieux aquatiques, même les plus extrêmes. Elles peuvent être en suspension dans l’eau (cyanobactéries planctoniques), fixées à un support minéral ou végétal immergé (cyanobactéries benthiques), ou flottant sous forme de flocs. Les cyanobactéries benthiques se développent à la surface des algues, des sédiments et des débris végétaux. En se détachant du support, elles peuvent migrer en surface et former des flocs brun-verdâtres qui se concentrent dans les zones d’eau calme, créant ce qu'on appelle des fleurs d’eau ou « bloom ». Elles croissent préférentiellement dans des eaux calmes et relativement chaudes, avec un optimum généralement situé entre 15 et 25 °C.

Le phénomène de prolifération est très probablement lié aux conditions climatiques actuelles, caractérisées par la sécheresse et des niveaux de cours d’eau très bas. Les vagues de chaleur successives favorisent leur développement, les cyanobactéries pullulant dans les plans d'eau à la faveur de la hausse des températures. Au-delà des périodes estivales, la présence de cyanobactéries peut perdurer en automne, surtout lors d’épisodes de temps doux et ensoleillé, où elles peuvent former des amas sur les bords des rivières ou dans certains plans d’eau.

Malgré leur potentiel toxique en cas de prolifération, les cyanobactéries jouent un rôle dans le fonctionnement du milieu et en particulier dans l’auto-épuration du cours d’eau, au même titre que les sédiments et les autres êtres vivants, tels que les animaux et plantes aquatiques. Les cyanobactéries peuvent produire de nombreuses molécules chimiques, dont certaines sont très utiles, comme des antibiotiques, antiviraux ou antitumoraux, tandis que d'autres sont néfastes, comme les cyanotoxines.

Interdictions de Navigation et de Baignade : Exemples Récent dans la Loire

La présence de cyanobactéries, avec ses risques sanitaires avérés, conduit régulièrement les autorités à prendre des mesures d'interdiction. La pêche a déjà été interdite dans la Loire et son affluent, le Louet, dans le Maine-et-Loire. Des restrictions d'activités de plaisance ont également été mises en place.

Un point de situation au 29 août 2025 a révélé une pollution du fleuve Loire par des toxines de cyanobactéries sur la retenue du barrage de Grangent et de Villerest. Des analyses sanitaires récentes réalisées par l’Agence Régionale de Santé (ARS) ont mis en évidence, sur le barrage de Grangent et de Villerest, le dépassement du seuil déclenchant l’alerte aux toxines de cyanobactéries en raison du risque pour la santé humaine. En conséquence, Alexandre Rochatte, préfet de la Loire, a pris un arrêté interdisant jusqu’au 13 septembre 2025 inclus toutes les activités de navigation de plaisance susceptibles d’entraîner une immersion dans l’eau pour la retenue de Grangent. Cette interdiction concerne une section du fleuve Loire délimitée en amont par la confluence de la rivière Semène avec le fleuve Loire, à la limite des départements de la Loire et de la Haute-Loire, et en aval par le mur du barrage.

Les activités de navigation de plaisance ou sportives sont généralement interdites lorsque les seuils sont dépassés. Cette mesure inclut spécifiquement des embarcations telles que les barques, les menues embarcations à rame ou à moteur, les voiliers, et les barques à pédales (pédalos) lorsqu’elles ne sont pas équipées d’un dispositif favorisant l’accès à la baignade.

Cependant, certaines exceptions sont prévues pour des raisons de service ou de nécessité. Sont autorisées les embarcations des services de sécurité (Police Nationale, Gendarmerie) et de secours, des services d’EDF, du Syndicat mixte d’aménagement des Gorges de la Loire et de la Ville de Saint-Étienne, ainsi que les embarcations de leurs mandataires et plus généralement toute embarcation nécessaire à l’entretien des ouvrages ou à l’exécution de missions de contrôle ou de surveillance. Sont également exceptées les embarcations autorisées nécessaires à la desserte des résidences riveraines à la retenue de Grangent et ne disposant d’aucun accès par voie terrestre, ainsi que les bateaux à passagers. Les embarcations nécessaires à la formation à la conduite des bateaux de plaisance sont aussi autorisées. De même, à l’exception du ski nautique, les embarcations nécessaires à la pratique d’une activité nautique proposée par un établissement d'activités physiques et sportives et encadrée par un moniteur breveté par la fédération française compétente pour l’activité concernée peuvent circuler, à condition que les responsables et les éducateurs sportifs en charge de l’encadrement de ces activités nautiques vérifient que le niveau de pratique des usagers encadrés et le contexte local permettent de se prémunir de tout risque sanitaire lié à l’ingestion ou l’inhalation d’eau contaminée par les toxines de cyanobactéries. Toutes les autres activités de navigation de plaisance ou sportives sont interdites.

Des mesures similaires ont été prises pour la retenue de Villerest. L’interdiction des activités de navigation de plaisance s’est étendue aux barques, aux menues embarcations à rame ou à moteur, aux voiliers, et aux barques à pédales (pédalos) lorsqu’elles ne sont pas équipées d’un dispositif favorisant l’accès à la baignade. Les exceptions incluent les embarcations des services de sécurité (Police Nationale, Gendarmerie) et de secours, des services d’EDF, du syndicat mixte de la retenue du barrage de Villerest, de l’établissement public Loire, les embarcations de leurs mandataires et plus généralement toute embarcation nécessaire à l’entretien des ouvrages ou à l’exécution de missions de contrôle ou de surveillance, ainsi que les bateaux à passagers et les embarcations nécessaires à la formation à la conduite des bateaux de plaisance. Comme pour Grangent, à l’exception du ski nautique, les embarcations nécessaires à la pratique d’une activité nautique proposée par un établissement d’activités physiques et sportives et encadrée par un moniteur breveté par la fédération française compétente pour l’activité concernée sont permises, sous réserve de la vérification par les responsables de la prévention du risque sanitaire lié à l’ingestion ou l’inhalation d’eau contaminée. Les autres activités de navigation de plaisance ou sportives demeurent interdites.

En raison de la présence de cyanobactéries, les activités de navigation de plaisance ont été interdites jusqu’au 5 septembre sur la Loire, près de Roanne. Ni pédalo, ni planche à voile, ni paddle n'étaient ainsi visibles à l'horizon le long de la Loire à cette période. La préfecture du département a pris cet arrêté interdisant les activités de navigation de plaisance sur le fleuve en raison de la présence de cyanobactéries, suite à des relevés effectués par l’Agence régionale de santé (ARS) qui ont révélé un taux élevé de ces micro-organismes dangereux pour l’homme et les animaux dans les eaux du fleuve, près du barrage de Villerest. L’interdiction a concerné toutes les activités de navigation de plaisance "susceptibles d’entraîner une immersion dans l’eau", précise la préfecture. La mesure s’est appliquée sur une section du fleuve située près de Roanne, en amont du viaduc de Chessieux reliant les communes de Saint-Georges de Baroille et Balbigny et en aval par le mur du barrage situé sur les communes de Villerest et de Commelle-Vernay, une portion de la Loire très fréquentée en période estivale et prisée pour les activités nautiques. Planches à voile, skis nautiques, pédalos, paddles, jet-skis et autres engins de plage étaient alors interdits. Seules quelques embarcations restaient autorisées à naviguer, comme les barques, les voiliers, les bateaux, ainsi que les embarcations des services de sécurité et celles nécessaires à la desserte de résidents.

Dans la région, d'autres interdictions d'activités nautiques et de baignade se sont multipliées durant des étés chauds, notamment aux lacs de Saint-Victor-sur-Loire et de Villerest (Loire), dans les communes de Laveyron, Saint-Uze et Saint-Barthélemy-de-Vals (Drôme), ou encore dans plusieurs cours d'eau en Savoie.

Surveillance Sanitaire des Eaux de Baignade dans les Pays de la Loire

Pour protéger la santé publique face aux risques liés à la qualité des eaux, notamment ceux des cyanobactéries, une surveillance rigoureuse est mise en place. Les zones de baignade en mer et en eau douce sont surveillées et contrôlées par l'ARS Pays de la Loire. La région des Pays de la Loire, avec ses 380 km de littoral et de nombreux plans d’eau douce, offre de multiples opportunités de baignade. À titre d'exemple, 151 sites de baignade en mer et 49 sites en eau douce sont répertoriés. Il est important de noter que la baignade en eau douce n'est autorisée que sur les sites spécifiquement aménagés et contrôlés par l'ARS Pays de la Loire.

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Afin de pratiquer ce loisir en toute sécurité, la qualité de l’eau est étroitement surveillée, à la fois par les collectivités et par l’ARS, qui organise le contrôle sanitaire dans les eaux fréquentées de manière régulière et où la baignade n’est pas interdite. Ce contrôle porte essentiellement sur des germes témoins, dont la détection laisse supposer la présence de germes responsables de maladies. Le risque infectieux se traduit alors par des gastro-entérites, des otites, des dermatites. Ce risque dépend également de l’état de santé du baigneur, de sa durée d’exposition et de sa pratique, comme l'ingestion d’eau ou l'immersion de la tête. Des risques microbiologiques particuliers existent également en eau douce, tels que la leptospirose par exemple.

Dans les Pays de la Loire, le contrôle sanitaire est programmé du 15 juin au 15 septembre pour les eaux de mer, et du 1er juillet au 31 août pour les eaux intérieures. En général, 10 prélèvements sont prévus sur les plages en mer, et 5 sur les plages d’eau douce. Le calendrier d’échantillonnage est préparé par l’ARS avant la saison balnéaire pour chaque eau de baignade et est transmis aux laboratoires en charge du contrôle sanitaire. Les dates de prélèvements des échantillons d’eau sont définies avant chaque début de saison et visent à garantir la représentativité statistique des prélèvements, ce programme restant fixe durant la saison balnéaire. Les échantillons sont prélevés en un point de surveillance défini par l'ARS, correspondant à la zone de fréquentation maximale des baigneurs ou à la zone qui présente le plus grand risque de pollution. Tout mauvais résultat analytique doit conduire la collectivité à interdire temporairement la baignade.

Les eaux de baignade doivent atteindre au moins la qualité suffisante pour satisfaire à l’objectif de qualité européen. Pour atteindre cet objectif et maintenir ce niveau d’exigence, les collectivités sont tenues d’élaborer des profils de baignade. Ces études visent à identifier les sources de pollution pouvant dégrader la qualité des eaux de baignade et affecter la santé des baigneurs, puis à hiérarchiser les risques. Elles opèrent également à des travaux visant à réduire ou supprimer les causes de ces pollutions, tels que le renouvellement de réseaux d’eaux usées, la sécurisation de postes de refoulement, la rénovation de stations d’épuration ou les programmes de visite de conformité de systèmes d’assainissement individuels. Enfin, ces profils permettent de prendre des mesures de gestion adaptées au risque. Par exemple, des fortes pluies dans les zones vulnérables peuvent avoir une influence sur la qualité de l’eau : des interdictions préventives de baignade de courte durée peuvent être prononcées par les collectivités. Ces documents orientent la surveillance que la collectivité se doit de mettre en place.

Le rôle de l’ARS Pays de la Loire est d’assurer la surveillance des eaux de loisirs et d’accompagner les collectivités dans la gestion des risques liés aux cyanobactéries. Les résultats des analyses sont validés par l’ARS, comparés à des seuils de qualité et qualifiés de « Bons », « Moyens » ou « Mauvais ». Édités dans des bulletins sanitaires, ils sont portés à la connaissance du public dès leur validation et sont transmis aux communes pour affichage sur les plages, aux principaux lieux d’accès.

En fin de saison, une analyse statistique des résultats permet d’établir le classement annuel des eaux de baignade. Seuls les critères bactériologiques sont pris en compte pour ce classement. Quatre saisons sont alors compilées, et les plages sont classées « Excellente », « Bonne », « Suffisante » ou « Insuffisante ». Une plage classée « Insuffisante » 5 années de suite doit être interdite définitivement à la baignade.

Pour l'année 2023, le classement des baignades en mer dans les Pays de la Loire se présentait comme suit :

Loire-Atlantique : 52 sites en qualité Excellente, 2 en Bonne, 0 en Suffisante, 2 en Insuffisante, 1 non classée.
Vendée : 71 sites en qualité Excellente, 3 en Bonne, 2 en Suffisante, 0 en Insuffisante.

Pour les baignades en eau douce en 2023 :

Loire-Atlantique : 9 sites en qualité Excellente, 1 en Bonne.
Maine-et-Loire : 13 sites en qualité Excellente, 2 en Bonne, 1 en Suffisante, 1 en Insuffisante.
Mayenne : 4 sites en qualité Excellente, 1 en Bonne.
Sarthe : 10 sites en qualité Excellente, 1 en Bonne, 1 en Insuffisante.
Vendée : 4 sites en qualité Excellente, 1 non classée.

L’ensemble des prélèvements est pris en compte, à l’exception de ceux ayant été effectués au cours d’une pollution à court terme ayant entraîné la fermeture, pour moins de 72 heures, de la baignade. Ce classement est ensuite porté à la connaissance de la commission européenne, qui se charge de la vérification du respect des critères de la directive européenne 2006/7/CE du Parlement européen et du Conseil du 15 février 2006 concernant la gestion de la qualité des eaux de baignade. Les autres sources de pollution, telles que les résidus goudronneux, les déchets, les algues et les planctons, ne sont pas prises en compte dans ce classement. Cependant, les personnes responsables des eaux de baignade doivent intégrer ces paramètres dans leur surveillance et prendre des mesures de gestion adéquates, y compris pour informer le public. Bien que tous les plans d’eau ne soient pas soumis à un contrôle sanitaire systématique, la vigilance reste de mise toute l’année. Certaines zones, notamment les sites de baignade déclarés, font l’objet d’analyses régulières afin d’évaluer la qualité de l’eau et le risque cyanobactérien.

Spécificités des Baignades Artificielles et Recommandations Générales pour la Sécurité

Outre les baignades naturelles, les baignades artificielles constituent une catégorie distincte avec une réglementation spécifique. Contrairement aux baignades naturelles, une baignade artificielle est une baignade dont l’eau est maintenue captive, c’est-à-dire dont l’eau est séparée des eaux de surface ou des eaux souterraines par aménagement, comme des bassins ou des barrages. Une réglementation plus stricte est applicable sur les baignades artificielles depuis avril 2019 que pour les baignades naturelles. Cette réglementation comprend notamment des exigences de qualité portant sur des indicateurs de contamination inter-baigneurs, tels que Pseudomonas aeruginosa et les staphylocoques pathogènes. Le renouvellement de l’eau de ces baignades et l’hygiène des baigneurs doivent être particulièrement surveillés.

La réglementation distingue deux catégories de baignades artificielles : celles en système ouvert, dont l’alimentation se fait exclusivement par de l’eau neuve non recyclée, et celles en système fermé, dont l’alimentation en eau est en tout ou partie recyclée. En 2024, la région Pays de la Loire compte 14 baignades artificielles, réparties sur plusieurs départements :

Loire-Atlantique (44) : MESQUER
Maine-et-Loire (49) : ALLONNES, SAUMUR
Mayenne (53) : LOUVERNÉ, SAULGES
Sarthe (72) : MANSIGNE
Vendée (85) : SAINT-GILLES CROIX DE VIE, BRETIGNOLLES SUR MER, LANDEVIEILLE, SAINT-JULIEN DES LANDES, LES EPESSES, LA TRANCHE SUR MER, BOIS DE CENE, AUBIGNY LES CLOUZEAUX.

L’ARS Pays de la Loire est en charge de la mise en œuvre du contrôle sanitaire des baignades artificielles. À la différence des baignades naturelles, les eaux de baignades artificielles ne font pas l’objet d’un classement annuel.

Pour garantir la sécurité des baigneurs, au-delà des contrôles sanitaires, il est essentiel de respecter des consignes générales. En ce qui concerne le risque de noyade, il est impératif de respecter la couleur du drapeau affiché :

Vert : Baignade surveillée et absence de risque particulier.
Orange : Baignade dangereuse mais surveillée.
Rouge : Baignade interdite.
Violet : Risque de pollution.
Absence de drapeau : Absence de surveillance, signifiant une baignade non sécurisée.

Pour les plus petits, la surveillance doit être permanente, quel que soit le lieu de baignade. Il est crucial de rester toujours près d’eux quand ils jouent au bord de l’eau et de se baigner avec eux lorsqu’ils sont dans l’eau. Chaque enfant doit être surveillé en permanence et de façon rapprochée par un seul adulte qui en prend la responsabilité pendant le temps de la baignade. Une vigilance particulière est également requise lors des baignades dans des piscines « hors-sol » (non enterrées) qui ne disposent pas de dispositif de sécurité.

Pour les adultes, il est recommandé de respecter les consignes de sécurité et les interdictions de baignade, surtout en cours d’eau, plans d’eau et en mer. Il est préférable de se baigner dans les zones surveillées signalées par les drapeaux de baignade, où l’intervention des équipes de secours est plus rapide. Se renseigner sur les conditions météorologiques avant la baignade est également une mesure de prudence. Il est conseillé de prévenir un proche avant de se baigner et de reporter sa baignade en cas de fatigue, de problème de santé ou de frissons. L'entrée dans l'eau doit être progressive, surtout après une longue exposition au soleil, et toute consommation d’alcool avant la baignade doit être évitée.

Concernant le soleil et la chaleur, il est recommandé de s'exposer progressivement et raisonnablement, et d'éviter les heures les plus chaudes de la journée, entre 11h et 16h. L'utilisation de crèmes solaires protectrices, de chapeaux et de lunettes est essentielle, particulièrement pour les jeunes enfants et les nourrissons. L'hydratation régulière est également primordiale. Enfin, dans l'eau, il convient de prendre garde aux piqûres de vives, méduses, raies et autres animaux venimeux qui peuvent provoquer des brûlures cutanées douloureuses.

La Gestion et les Enjeux des Cyanobactéries dans le Bassin de la Loire